Das Fällen eines Baumes ist nur unter bestimmten Umständen erlaubt und bedarf dementsprechend einer oder unter Umständen auch mehrerer Genehmigungen. Im öffentlichen und privaten Außenbereich kann die Fällung eines Baumes einen Eingriff in Natur und Landschaft darstellen - die Fällung von Bäumen unterliegt dem allgemeinen Artenschutz und bedarf einer Genehmigung der Naturschutzbehörde. In manchen Städten oder Gemeinden unterliegen Bäume außerdem einer Baumschutzsatzung, welche eine separate Genehmigung der zuständigen Behörde erfordert.

Von den rund 3.000 Hektar Waldfläche besitzt die Kommune um die 1.230 Hektar. Der alte Honnefer Stadtwald befindet sich im süd-östlichen Teil des Naturschutzgebietes Siebengebirge zwischen der Landesgrenze und Ittenbach. Hinzu kommt der ehemalige Gemeindewald Aegidienberg, westlich und östlich der Autobahnabfahrt Bad Honnef.
Die Bewirtschaftung des Stadtwalds ist multifunktional ausgerichtet. Nutz-, Schutz- und Erholungsfunktion finden gleichzeitig auf derselben Fläche statt. Als Ziel gilt die Erhaltung beziehungsweise Schaffung eines ökologisch stabilen Waldes, der eine nachhaltige Erzeugung des Rohstoffes Holz unter Bewahrung der Leistungsfähigkeit der Waldstandorte gewährleistet. Als Teil der einmaligen Naturlandschaft Siebengebirge wird der Erholungsfunktion eine hohe Bedeutung beigemessen. Hinzu kommt die Sicherung des Naturhaushaltes einschließlich der artenreichen Tier- und Pflanzenwelt. Bereits seit 1991 praktiziert die Stadt Bad Honnef eine naturnahe Waldwirtschaft. Das Konzept orientiert sich an natürlichen Abläufen im Wald und bemüht sich beobachtbaren Wirkungen des Naturgeschehens in den Dienst der Waldwirtschaft zu stellen. Kahlschläge werden dabei vermieden. Im Dauerwald wachsen mehrere Baumgenerationen nebeneinander und eine natürliche Verjüngung der Bestände wird forciert. Diese vielseitigen Waldbilder laden auch zu erholsamen Spaziergängen ein.

Seit 2003 wird der städtische Waldbesitz nach den Richtlinien der PEFC (Programme for the Endorsement of Forest Certification = Programm für die Anerkennung von Forstzertifizierungssystemen) zertifiziert. Durch die Zertifizierung wird einerseits eine ökologische und schonende Waldbewirtschaftung sichergestellt und andererseits die Absatzchancen für das bereitgestellte Holz verbessert, da immer mehr Endnutzer Wert auf den Nachweis eines ökologischen Produkts legen.

Bei der Ausführung von Bauleistungen und der Einrichtung von Baustellen in der Nähe von Bäumen, Sträuchern und Grünflächen sind die folgenden Schutzvorschriften zu beachten, damit Schäden an den Grünanlagen vermieden werden. Die Nichtbeachtung dieser Vorschriften kann zur Bestrafung der Verantwortlichen führen, löst aber in jedem Falle die Verpflichtung zum Schadensersatz aus.